Считается, что до начала XIX века государственных структур по управлению исполнением всех видов наказаний не существовало. Однако уже в первом своде законов древней Руси - "Русской правде" - были перечислены наказания за различные преступления. В частности, за нанесение телесных повреждений полагался штраф в размере трех гривен. А если человек застал вора на месте преступления, он имел право его убить.

Позже наказания систематизировались и становились более жестокими. Например, в Соборном уложении 1649 года в качестве наказания за изготовление фальшивых денег предусматривалась смертная казнь через заливание в горло расплавленного металла, а за убийство супруга - закапывание в землю живым.

Однако единой государственной структуры, которая приводила в исполнение наказания, не было. И первым шагом к созданию такой системы стало образование в 1802 году Министерства внутренних дел России. Через 30 лет появилась Тюремная инструкция - документ, который регулировал условия приема и размещения, режима и условий труда заключенных. Позже, при царе Николае I, была проведена систематизация уголовного права, после чего приняли Уложение о наказания уголовных и исправительных. Система наказаний и их исполнения в сравнении с Соборным уложением стала менее жестокой.

Наконец, 12 марта 1879 года в структуре Министерства внутренних дел царской России появляется Главное тюремное управление. (С 1999 года 12 марта - профессиональный праздник работников ГУИН).

Существенные изменения система претерпела после Октябрьской революции. 24 января 1918 года появилось постановление Народного комиссариата юстиции о тюремных рабочих командах. С этих пор общественно-полезный труд стал в советской России одним из основных средств исправления осужденных. В апреле 1930 года в составе ОГПУ создается Управление лагерей, которое в октябре переименовали в Главное управление лагерей - печально известный ГУЛАГ. В 1954 вместо ГУЛАГа возникает Главное управление исправительно-трудовых колоний МВД. В ходе очередной реорганизации 1959 года Главное управление мест заключения МВД СССР. Таких переименований-реорганизаций было еще несколько. Но структура управления остается практически неизменной.

Передача ГУИН из МВД в ведение Министерства юстиции России с 1 сентября 1998 года стала началом реформы всей российской уголовно-исполнительной системы.